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Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  39 lines
  1. ****************************************
  2. * Proteasome A-type subunits signature *
  3. ****************************************
  4.  
  5. The proteasome  (or  macropain) (EC 3.4.99.46) [1,2,3]  is an  eukaryotic  and
  6. archaebacterial multicatalytic proteinase complex that seems to be involved in
  7. an ATP/ubiquitin-dependent nonlysosomal proteolytic pathway. In eukaryotes the
  8. proteasome is  composed  of  about  24  distinct  subunits which form a highly
  9. ordered ring-shaped structure (20S ring).
  10.  
  11. Most proteasome   subunits  can  be  classified,  on  the  basis  on  sequence
  12. similarities into two groups, A and B.  Subunits  that  belong  to  the A-type
  13. group are  proteins  of  from  210  to  290 amino acids that share a number of
  14. conserved sequence regions.  Subunits  that are known to belong to this family
  15. are listed below.
  16.  
  17.  - Vertebrate subunits C2 (nu), C3, C8, C9, iota and zeta.
  18.  - Drosophila PROS-28.1, PROS-29 and PROS-35.
  19.  - Yeast C1, C5, C7-alpha (Y8), Y7, Y13 and PUP2.
  20.  - Arabidopsis thaliana subunits alpha and PSM30.
  21.  - Thermoplasma   acidophilum  alpha-subunit.    In  this  archaebacteria  the
  22.    proteasome is composed of only two different subunits.
  23.  
  24. As a  signature  pattern  for proteasome A-type subunits  we selected the best
  25. conserved region, which is located in the N-terminal part of these proteins.
  26.  
  27. -Consensus pattern: [FY]-x(4)-[STN]-x-[FYW]-S-P-x-G-[RKH]-x(2)-Q-[LIVM]-[DE]-
  28.                     Y-[SAD]-x(2)-[SAG]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  32.  
  33. [ 1] Rivett A.J.
  34.      Biochem. J. 291:1-10(1993).
  35. [ 2] Rivett A.J.
  36.      Arch. Biochem. Biophys. 268:1-8(1989).
  37. [ 3] Goldberg A.L., Rock K.L
  38.      Nature 357:375-379(1992).
  39.